Gaujienas nosaukums cēlies no Gaujas upes nosaukuma. Livonijas Indriķa hronikā ir nosaukums: Coiwa. Pēc Latvijas senvēstures pētnieka Bīlenšteina domām, šis vārds cēlies no igauņu koiv (lībiešu – kov) – bērzs. Vāciski tāpat kā dāniski Gauju sauc – Aa, kas nozīmē – ūdens, upe. Igauņi Gaujienu sauc par Koivalinn – Gaujas pils (pilsēta).

Gaujienas vārds vietējo iedzīvotāju latviešu vidū tika lietots sen un nosaukums bija “Gaujene”. Vietējā zemnieka Priedes vaku grāmatā pagasta nosaukums Gaujene ierakstīts 1826. gadā, bet senajās Livonijas kartēs Gaujienas nosaukums redzams jau 16.gs. sākumā. Gaujienas draudzes ilggadīgais mācītājs Jānis Janelsītis (13.03.1901.–03.12.1999.) savās atmiņās stāstīja, ka, ar mācītāja Ata Jaunzema pūlēm un vairākkārtējiem priekšlikumiem, Gaujienas nosaukums oficiāli beidzot apstiprināts 1918. gada 20. novembrī.